Le bâtiment principal du Musée national est resté fermé pendant sept ans, le temps pour les ingénieurs de vider des fondations vieilles de 130 ans et de remplacer chaque poutre. Lors de sa réouverture en 2018, les restaurateurs avaient éliminé des décennies de crasse pour révéler les fresques originales du plafond du Panthéon de František Ženíšek — 72 figures allégoriques représentant l'histoire, la science et l'art tchèques. La structure néo-Renaissance ancre l'extrémité sud-est de la place Venceslas, son dôme de 70 mètres étant visible depuis la majeure partie de Nové Město. L'architecte Josef Schulz l'a conçu en 1891 comme un écho délibéré aux musées de Vienne, une déclaration de l'ambition culturelle tchèque au sein de l'Empire austro-hongrois. Aujourd'hui, le complexe s'étend sur quatre bâtiments et contient 14 millions d'objets : outils paléolithiques de Dolní Věstonice, manuscrits médiévaux, collections de minéralogie classées parmi les dix plus importantes d'Europe, et partitions originales d'Antonín Dvořák. L'escalier central du bâtiment historique monte devant des colonnes de marbre jusqu'au Panthéon, une salle en dôme bordée de bustes en bronze de 72 érudits, artistes et figures nationales tchèques. Les visites guidées du Musée national de Prague se concentrent sur l'exposition permanente retraçant l'histoire de la Bohême, de la Moravie et de la Silésie, de l'installation préhistorique à la déclaration d'indépendance de 1918. L'aile d'histoire naturelle présente une forêt tropicale reconstituée de l'Oligocène et 3 000 fragments de météorites. Les visites guidées du musée de Prague associent souvent le Musée national à des itinéraires à pied dans la vieille ville ou à un accès coupe-file qui permet d'éviter les files d'attente au rez-de-chaussée durant les après-midi de week-end. Des audioguides permettent de suivre une visite de 90 minutes à travers 40 salles, couvrant les peintures en lunette de Josef Mánes, les spécimens fluorescents de la voûte minérale et les 1,3 million de volumes de la bibliothèque. Les visites privées permettent de se concentrer davantage sur des collections uniques — numismatique, ethnographie ou les collections asiatiques et africaines du Musée Náprstek dans un bâtiment baroque séparé près de la rivière. L'admission comprend les expositions temporaires, qui tournent chaque trimestre et ont présenté des sujets allant des affiches Art nouveau aux enquêtes sur la faune des Carpates. La terrasse sur le toit surplombe la place Venceslas et les flèches de cuivre de Staré Město, un point de vue qui clarifie le plan des rues médiévales de Prague par rapport à ses boulevards du XIXe siècle.